По умолчанию сценарии CGI запускаются из папки

/var/www/vhosts/example.com/httpdocs/cgi-bin/

Чтобы разрешить CGI-скрипты из любой папки:
1. Раскомментируйте директиву cgi-script AddHandler в главном файле конфигурации Apache, /etc/httpd/conf/httpd.conf:

AddHandler cgi-script .cgi

2. Перезапустите Apache.
service httpd restart
или для Debian

service apache2 restart

В панели Plesk же эта директива вписывается в настройках Apache2 и Nginx:

Как вписали, нажмите кнопку ОК внизу страницы.
Чтобы попасть в настройки, найдите вот это (обведено черным):

В поздних версиях Plesk пункт находится на вкладке Управление хостингом.