В составе панели управления ISPManager есть phpMyAdmin, но он не всегда последних релизов. Тем не менее, разработчики phpMyAdmin дали нам возможность спокойно все обновить. Сам phpMyAdmin сидит по адресу /usr/share/phpMyAdmin. Заменить его очень легко. Загружать мы будем все через wget, на дату поста последний релиз 5.2.1. Обновление содержит операции с системными файлами и папками. Будьте очень аккуратны, не повредите систему или ISPmanager. Если сомневаетесь — лучше не делать.
1. Идем на сайт phpmyadmin.net и находим там последний релиз.

2. Нажимаем правой кнопкой мыши и выбираем копирование ссылки.

3. Загружаем дистрибутив:

wget https://files.phpmyadmin.net/phpMyAdmin/5.2.1/phpMyAdmin-5.2.1-all-languages.zip

4. Если есть unzip, этот шаг пропускаем. Если нет то ставим:
Debian, Ubuntu:

apt-get install unzip -y

Almalinux, CentOS, Ред ОС:

yum install unzip -y

5. Удаляем старую phpMyAdmin, затем распаковываем архив прямо в папку и сносим его:

rm -rf /usr/share/phpMyAdmin/*
unzip phpMyAdmin-5.2.1-all-languages.zip -d /usr/share/phpMyAdmin
rm -rf phpMyAdmin-5.2.1-all-languages.zip

6. Как видим, распаковался phpMyAdmin чуток не туда где надо. Как говорится, такая текила нам не нужна. Поэтому переходим в папку и перемещаем:

cd /usr/share/phpMyAdmin/phpMyAdmin-5.2.1-all-languages
mv * ..
cd ..
rm -rf phpMyAdmin-5.2.1-all-languages

7. Смотрим что получилось:

ls -la