Да все так же как в Windows, правда есть отличие. Не указывается пользователь.

Открываем Командную строку в Wine (команда wine cmd) и в нее уже пишем все нужное.

Пример (параметр DisplayName тут означает имя, по которому видим службу):

sc create Внутреннее_имя_службы binPath= "C:\Папка\Программа.exe" DisplayName= "Программа"

Есть еще такой вариант, если вы храните софт в /home.

sc create Внутреннее_имя_службы binPath= "Z:\home\Пользователь\Папка\Программа.exe" DisplayName= "Программа"

Управлять также можно через xStarter.

Лайфхак: чтобы открывать cmd.exe прямо из Linux, впишите в .bashrc следующее.

alias cmd='wine cmd.exe'

Сохраните файл и закройте редактор.

После этого выполните:

source .bashrc

Теперь у вас будет открываться командная строка прямо из Linux при команде cmd.